L’utilisation de produits à base de mélatonine est déconseillé aux personnes souffrant de maladies inflammatoires ou auto-immunes, les femmes enceintes ou allaitantes, aux personnes devant réaliser une activité nécessitant une vigilance soutenue et pouvant poser un problème de sécurité en cas de somnolence.
La consommation de mélatonine sous formes de compléments alimentaires doit être soumise à un avis médical pour les personnes épileptiques, les personnes asthmatiques, les personnes souffrant de troubles d’humeur, du comportement ou de la personnalité et les personnes suivant un traitement médicamenteux.
En absence de données suffisantes sur les effets à long terme, il est recommandé de limiter la prise à un usage ponctuel.